ترخیص کالا دارای چندین مرحله است که شامل آماده سازی، ثبت اسناد واردات یا صادرات کالا به شکل فیزیکی یا الکترونیک، محاسبه وجوهی مانند سود بازرگانی، حقوق گمرکب، مالیات، ماخذ تعرفه گمرکی و تسهیلات ارائه شده توسط دولت به تجار کالا و ... می‌شود.

هنگامی که فرآیند ترخیص کالا صورت می‌گیرد، تعیین ارزش کالاهای ترخیص شده از ضرورت بالایی برخوردار است. ارزش کالا از موارد مهمی است که یک ترخیص کار گمرک یا یک تاجر باید آن اهمیت زیادی بدهد. در تمامی گمرکات ارزش کالاها با قیمت های متفاوتی تعیین می‌شوند. این ارزش در سامانه TSC قابل جستجو است.

مراحل ترخیص کالا از گمرک شامل تکمیل اسناد، ورود اطلاعات از طریق سیستم EPL، پرینت اظهارنامه، دریافت کوتاژ و تعیین مسیر، ارزیابی کالا، دریافت مجوزهای لازم، کارشناس سرویس (مجازی)، ده درصد کرایه حمل خطوط خارجی، صندوق، انبارداری، درب خروج و خروج کالا می‌شود.

برای اظهار و ترخیص دیگر لزومی ندارد که به بخش های مربوطه رفته و اسناد کاغذی ارائه داد، به ابن دلیل که تمام اسناد کاغذی از سیستم کامپیوترب شخص خریدار به سیستم ترخیص الکترونیک انتقال داده خواهد شد. عموما فرآیند اظهار و ترخیص شامل مراحل زیر می‌شود؛

مرحله اول از فرآیند ترخیص کالا از گمرک تکمیل اظهارنامه واردات و ثبت آن در سیستم گمرک به صورت آنلاین است. در زمان ورود کالاها به گمرک به نوع کالا، علامت تجاری، فنی، کمیت، مدل، ارزش و وزن کالا توجه می‌شود. قبل از ورود یا بعد از آن، شرکت کشتیرانی گزارشی از ورود و اطلاعات به گمرک ارائه می‌دهد و اگر هیچ خطا و مشکلی رخ ندهد، اعلامیه ورود کشتی یا هواپیما به وسیله سیستم الکترونیکی گمرک، شماره اعلامیه ورود به شرکت کشتیرانی و حمل و نقل داده می‌شود. به هنگام ورود محموله به بندر، وارد کننده یا ترخیص کار اظهارنامه را به سیستم الکترونیکی گمرک می‌دهند. برای هر اظهارنامه ثبت شده یک شماره درنظر گرفته می‌شود که این شماره کوتاژ نامیده می‌شود.

در مرحله دوم چک کردن و تایید اعلامیه و اسناد دیگر توسط واردکننده صورت می‌گیرد وسیستم الکترونیکی گمرک داده ها را اعتبارسنجی کرده و در عرض چند ثانیه شماره اظهار را ارائه داده و پس ازآن واردکننده پرداخت الکترونیک را انجام می‌دهد.

در مرحله سوم پرداخت عوارض و مالیات درخواست شده وبرای آن می‌توان هم صورت فیش بانکی و هم به صورت پرداخت الکترونیک عوارض و مالیات گمرکی را پرداخت کرد.

برخی از اسناد و مدارک باید به اداره گمرک تحویل داده شود که گواهی بهداشت از جمله مدارکی است که برای مواد غذایی و محصولات آرایشی و بهداشتی ضرورت دارد. فاکتور خرید که قیمت کالا را نشان داده، پکینگ لیست، مانیفست و بارنامه از دیگر مدارک مورد نیاز برای ارائه به گمرک است.

بررسی و تطبیق اسناد در این مرحله انجام می‌شود و اداره گمرک به منظور تعیین ارزیاب تمامی اسناد و مدارک دریافتی از جانب متقاظیان را مورد بررسی قرار داده و سپس اسناد برای ارزیابی و کنترل کالا با اسناد و صدور صورتحساب به قسمت حسابداری داده می‌شود.