گمرک امام خمینی مهم ترین و بزرگ‌ترین گمرکی است که کالاهایی که به صورت هوایی وارد می‌شوند را ترخیص می‌کند. گمرک فرودگاه امام خمینی به صورت ۲۴ ساعته فعالیت می‌کند و به اتوبان‌های ترانزیتی نزدیک می‌باشد. امور گمرکی این فرودگاه شامل واردات قطعی که در دو لاین انجام می گیرد، واردات موقت که ملزم به رعایت قوانین کالاهای موقت است، صادرات قطعی و خروج موقت است. ترخیص کاران گمرک امام خمینی بسیار متخصص بوده و تسلط کافی به تمام امور گمرکی دارند. ترخیص کار گمرک امام خمینی دارای مسئولیت بسیار گسترده در جهت ارائه بهترین خدمات بازرگانی است.

اولین مرحله در ترخیص کالا جمع آوری و بارگیری کالا است. کالاهای وارداتی معمولا طی دو روز کاری جمع آوری شده و به خطوط هوایی تحویل داده می‌شوند که این فرآیند ملزم به رعایت قانون های مربوطه می‌باشد. در این مرحله هنگام تحویل کالا تمامی بازدیدهای لازم بر روی آن صورت می‌گیرد و میزان و حجم کالا نیز مورد بررسی قرار می‌گیرد. تمامی موارد طبق قانونی مشخص انجام می‌شود و از قانونی بودن محموله ارسالی اطمینان کامل حاصل می‌شود.

در مرحله بعدی کالاهای بسته بندی شده طبق درخواست مشتری به محل بارگیری مناسب ارسال می‌شوند و طبق زمانبندی مشخص با خطوط هوایی هماهنگ می‌شوند. خطوط هوایی ایران معمولا یک روزه اقدام به فعالیت می‌کنند و در مورد خطوط غیرایرانی دو روز زمان برای تحویل کالا به فرودگاه امام خمینی در تهران نیاز است.

در مرحله بعدی، ردگیری که با نام تراکینگ معروف است، صورت می‌گیرد. در این مرحله همکارانی که در دفتر ایران هستند به صورت شبانه روزی با مشتریان همکاری می‌کنند و زمان بارگیری، زمان پرواز و زمان دقیق اتصال به فرودگاه های واسطه و در پایان زمان وصل شدن به فرودگاه امام خمینی را به مشتریان اعلام می‌کنند. دریافت قبض انبار نیز در این مرحله انجام می گیرد که این قبض توسط خطوط هوایی ایران صادر می گردد. پس از دریافت کالا در فرودگاه امام خمینی قبضی به نماینده شرکت داده می‌شود که این مراحل نیازمند دو الی سه روز کاری است و در این زمان عملیات ترخیص کالا شروع می‌شود.

گام بعدی در ترخیص کالا از گمرک امام خمینی، ثبت سفارش است. این مرحله در ابتدا قبل از ورود کالا انجام می شد اما طبق قوانین جدید این مرحله در گام های آخر انجام می شود. در این مرحله شماره قبض انبار در سامانه وزارت ثبت شده و کارشناسان با دریافت قبض انبار سفاش کالا را ثبت می‌کنند. پس از مدت زمان کوتاه این سفارش توسط کارشناسان وزارت بازرگانی تایید می‌شود. پس از تایید کدی به نام کد اظهار کالا به گمرک اعلام می‌شود.

پس از آن باید به سالن گمرک مراجعه کرد تا اظهارنامه برای کالاهایی که توسط سیستم تایید شده‌اند، پر شود. در این مرحله ارزیابی کالا نیز انجام می‌گیرد و اسناد و مدارک مورد بررسی قرار می‌گیرد تا صحت اطلاعات تایید شود. این اسناد شامل قبض انبار، بارنامه، پکینگ و گواهی مبدا می‌شود. پس از پروانه شدن کالا می‌توان نسبت به حمل کالا با وسیله نقلیه مناسب اقدام کرد.  بارگیری کالا و ترخیص کالا از گمرک امام خمینی در این مرحله به پایان می‌رسد و در درب خروج تمامی موارد به دقت از ابتدا تا انتها مورد بررسی قرار می‌گیرد و پس از تایید اجازه ترخیص کالا صادر می‌شود.